Wilayah hukum Kejaksaan Negeri Muna terdiri dari 3 (tiga) daerah otonom yang pada mulanya terdiri dari dari Kabupaten Muna kemudian dimekarkan dan melahirkan 2 (dua) daerah otonom baru yaitu Kabupaten Buton Utara dan Kabupaten Muna Barat.  pembentukan Kabupaten Buton Utara sebagai Daerah Otonom Baru (DOB) yaitu didasarkan pada Undang – Undang RI Nomor 14 tahun 2007 tanggal 2 Januari tahun 2007.  Sedangkan Pembentukan Kabupaten Muna Barat sebagai Daerah Otonom Baru (DOB) didasarkan pada Undang - Undang RI nomor 14 tahun 2014 tanggal 23 Juli 2014 tentang Pembentukan Kabupaten Muna Barat. 

Letak geografis :

1. Kabupaten Muna secara geografis memiliki luas wilayah ± 2.057,69 Km² yang secara astronomis terletak di bagian selatan garis khatulistiwa. Kabupaten Muna setelah setelah terjadi pemekaran dengan Kabupaten Muna Barat, Kabupaten Muna terdiri dari 22 Kecamatan yaitu Kecamatan Tongkuno, Tongkuno Selatan, Parigi, Bone, Marobo, Kabawo, Kabangka, Kontu Kowuna, Kontunaga, Watopute, Katobu, Lohia, Duruka, Batalaiworu, Napabalano, Lasalepa, Towea, Wakorumba Selatan, Pasir Putih, Pasi Kolaga, Maligano dan Batukara. Wilayah administrasi di Kabupaten Muna terdiri dari 124 Desa, 26 Kelurahan dan 3 unit permukiman transmigrasi. Adapun batas – batas wilayah
2. Sebelah Utara berbatasan dengan selat Spelman;
3. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Buton Tengah;
4. Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Buton Utara;
5. Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Muna Barat;

Adapun jumlah penduduk Kabupaten Muna berdasarkan hasil proyeksi penduduk tahun 2024 yaitu berjumlah 231.980 jiwa.

1. Kabupaten Buton Utara secara geografis memiliki luas wilayah ± 1.923,03 Km² yang terletak di bagian utara Pulau Buton. Terdiri  6 Kecamatan, 12 Kelurahan dan 78 Desa. Dari 6 kecamatan yang berada di Kabupaten Buton Utara, Kecamatan Bonegunu merupakan kecamatan yang memilik wilayah paling luas dibanding kecamatan lainnya, yaitu seluas 491,44 km² atau 25,56 % dari seluruh luas Kabupaten Buton Utara. Sedangkan kecamatan yang memiliki luas wilayah paling kecil yaitu Kulisusu yaitu seluas 172,78 km² atau 8,98 % dari seluruh luas  wilayah Kabupaten Buton Utara. Adapun batas – batas wilayah
2. Sebelah Utara berbatasan dengan selat wawonii;
3. Sebelah Timur berbatasan dengan Laut Banda;
4. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Buton;
5. Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Muna;

Enam wilayah Kecamatan pada Kabupaten Buton Utara tersebut yaitu :

1. Kecamatan Kulisusu Barat dengan luas wilayah 370,47 Km²
2. Kecamatan Kulisusu Utara dengan luas wilayah 339,64 Km²
3. Kecamatan Kambowa dengan luas wilayah 303,44 Km²
4. Kecamatan Wakorumba Utara dengan luas wilayah 245,26 Km²
5. Kecamatan Bonegunu dengan luas wilayah 491,44 km²
6. Kecamatan Kulisusu dengan luas wilayah 172,78 km²

Adapun jumlah penduduk Kabupaten Buton Utara berdasarkan hasil proyeksi penduduk tahun 2023 yaitu berjumlah 69.500 jiwa.

1. Kabupaten Muna Barat secara geografis memiliki luas wilayah keseluruhan ± 1.022,89 Km² atau 102.289 ha dengan luas daratan sebesar 906,28 Km² atau 90.628 ha yang terbagi dalam 11 Kecamatan, 81 Desa dan 5 Kelurahan  dengan batas – batas wilayah sebagai berikut :
2. Sebelah Utara berbatasan dengan selat tiworo;
3. Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Muna;
4. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Muna;
5. Sebelah Barat berbatasan dengan selat tiworo;

Ke sebelas Wilayah Kecamatan pada Kabupaten Muna Barat sebagai berikut :

1. Kecamatan Sawerigadi dengan luas wilayah 102 Km²
2. Kecamatan Barangka dengan luas wilayah 33,09 Km²
3. Kecamatan Lawa dengan luas wilayah 85.17 Km²
4. Kecamatan Wadaga dengan luas wilayah 175.05 Km²
5. Kecamatan Tiworo Selatan dengan luas wilayah 66,98 Km²
6. Kecamatan Maginti dengan luas wilayah 40,57 Km²
7. Kecamatan Tiworo Tengah dengan luas wilayah 82,35 Km²
8. Kecamatan Tiworo Utara dengan luas wilayah 62,05 Km²
9. Kecamatan Kepulauan dengan luas wilayah 77,90 Km²
10. Kecamatan Kusambi dengan luas wilayah 103.33 Km²
11. Kecamatan Napano Kusambi dengan luas wilayah 77,19 Km²

Adapun jumlah penduduk Kabupaten Muna Barat berdasarkan proyeksi penduduk tahun 2024 sebanyak 90.010 jiwa.